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臺北市長柯文哲7日下午赴議會備詢，針對多位議員關切悠遊卡跟一卡通在北高兩市使用時不對等的狀況，他認為多卡通的政策基本上是對的，但必須做到公平，不能做行政上的干擾，因此面對悠遊卡在高雄市的不對等待遇，北市府會向行政院公平交易委員會提出申訴，並要求交通部出面處理，儘速跟高雄市政府做溝通。
議員質詢時指出，悠遊卡公司從一家獨大變成老三，一卡通到處可以使用，悠遊卡在高雄到處碰壁，要不就無法使用悠遊卡，要不就是沒有優惠，因此強烈要求臺北捷運公司要向非悠遊卡公司以外的電子票證公司要求清分費用。
對此，柯文哲表示他認同議員的對等觀念，也表示在馬政府時代訂定的多卡通政策是對的，但要做到公平，不能有行政干擾，大家應開放門戶，所以悠遊卡在高雄市的使用是不公平的，這點北市府會向行政院公平交易委員會提出申訴，中央政府也有義務出面處理這件事，做到公平。
柯文哲強調，北市府會跟高雄市政府做溝通，如果高雄市政府不開放，給予悠遊卡公平待遇，就一定會做處理。
柯文哲也認為，臺灣需不需要這麼多的電子票證，可以再做思考，但市場開放是對的，對民眾來說是有利的，重點是應做到公平。
針對多卡通政策一事，臺北市政府副發言人劉奕霆表示，多卡通是中央政府既定政策，北市府府全力支持，唯各政府政府應本公平原則開放各卡，目前高雄市政府尚有部分交通措施未完全開放，市府各局處會洽高雄市政府早日開放，必要時會請中央公平交易委員會給予行政協助。
有議員提到日前研考會發布最新民調，如果市長以市民的角度來填答問卷的結果，會是怎樣？柯文哲一共回答六題，在市政綜合滿意度上，他選滿意；對市長滿意度，他選沒有意見，還有進步空間；對北市交通滿意度，他選沒有意見，覺得還好；對大巨蛋處理現況，他選不滿意；對世界設計之都滿意度，他也是選不滿意。
柯文哲表示，過去一年他有自我檢討，做了改正，基本上今年的政策比較穩定，現在比較大問題是內部團隊的處理較差，也就是內部橫向協調問題，但整體來說已經比較穩定。他也誠實說，當時上任時是拼裝車，現在是該換的零件都換了。
針對議員關切東區門戶計畫的進度，並希望把日本六本木計畫精神納入東區門戶計畫，包括把工業區變成南港車站特專區、公辦都更由政府主導、未來回饋市府樓板作為青年公宅及南港香榭大道升級精品街；對此，柯文哲表示，他對東區門戶計畫有百分百的信心，並在承諾書上簽名。副市長林欽榮也當場向議員承諾會會朝這個方向努力。
有關議員質疑北美館在花博園區擴建庫房並不合理一事；柯文哲表示，這涉及到新生公園的整體規劃，需要跨局處討論，會在市長室會議中重新拿出來討論。
對議員關心水源二、三期公辦都更的案子，柯文哲表示北市府會盡力幫忙民眾改建，對於容積率的問題，也會交代都更處協助，看能突破現行法令限制。至於議員邀請他參加該處的會員大會，如果他沒既定行程，會去參加，表達市府對此案的關心。
對議員質疑工務局進行組織改造的必要性，以及進行組編過程可能產生陣痛的問題，柯文哲強調，組織調整的基本原則是不增加員額，並按照工作需要重新調整，在這個前提下，他授權各局處首長看怎麼調整是最有效的，尊重首長專業判斷，沒有太多的行政干涉。而且調整後還是五個處，同仁的職等沒改變，只是重新排列組合而已，對現有員工權益沒有影響，只是處長換人。
柯文哲也提到，有關議員提醒組改的陣痛期會影響市民權益和施政效能，這部分他會特別注意，因此在完成組改後，每週要開會找問題，有問題就討論，減少陣痛期的衝擊。
工務局長彭振聲補充說明，該局下轄五個處，其中新工處的編制最大、業務最多，因此規劃把新工處分成兩個處，一是成立公共建築處，把其他局處有建築工程部分就整併；另一個是道路工程處，把公燈處部分業務納進來，做事權統一，如此一來五個處業務會比較平均，專業部分分界也比較好，讓該局組織更健全，不過長期來說，還是希望成立水務局。
針對議員所提往生者生前遺囑常因家屬紛爭無法執行問題；柯文哲說，他當醫生這麼久，對這種情形感觸很多，所以他除鼓勵大家訂定生前遺囑外，也應由國家設立一個能代替往生者來執行生前遺囑的單位，這部分他會要求民政局馬上檢討處理。
議員質詢時詢問，美術館長期以來收入有限，是否可以仿效其他國家知名美術館，如東京都美術館、新加坡國家美術館等，採取免費策略，讓更多臺北市民能夠進入美術館，並多做國際交流？柯文哲回應，會討論看看，一個月後答覆。
議員亦相當關切蕭曉玲案後續發展，提出多項質疑及學生說法，認為蕭是不適任教師。法務局長袁秀慧表示，市府會尊重法律判決，沒有要挑戰它，但在程序上若當時真有不適當，行政機關不是不能重新檢討經過，因此現在是針對過失部分負起責任，而不是要為蕭平反，目前案子還在撤銷原核准處分，回到正常體制內處理。
有議員詢問柯文哲，是否看過李奧納多《洪水來臨前》影片，並詢問北市府是否會推出相關環境政策？柯文哲表示看到一半，環保局正在研擬相關計畫。
議員質疑世大運之友會踩在灰色地帶，規避市政府、民意代表及市民的監督，利用世大運之名實行募款、招募志工等活動。議員表示曾去函社會局，得到它是私法人的回覆；體育局亦表示世大運之友會與臺北市政府無任何合作事項，卻列席處長會議。因此議員要求世大運之友會自行公開相關募款資訊。世大運執行長蘇麗瓊解釋，體育局之回覆，意為臺北市政府沒有補助其經費，亦無委託該機關舉辦活動。
臺北市政府副發言人劉奕霆表示，北市府歡迎各方團體支持並行銷世大運，過去因業務之需要，世大運執行委員會召開相關會議時，也邀請世大運之友會代表列席，以了解世大運執行情形，俾便正確協助行銷世大運；列席會議用意在了解狀況，無法參與決策決定。