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臺北市長柯文哲出訪日本進入第3天，柯文哲上午首先拜會東京大學川島真教授，隨即並參訪東京大學包含東洋文化研究所等各學術單位、並與東京大學的教授們進行會談。柯文哲指出，其實這次來訪的主要目的是讓北市府的年輕幕僚們跟這些人都建立起聯絡的關係，我們需要的是國際顧問。當我們有問題、有不懂的地方的時候，就可以詢問這些國際顧問的看法，只要蒐集五六個不同大學、不同國家的國際顧問，就能幫助市府在做重大決策時的品質改善。

柯文哲進一步強調，其實日本也跟臺灣一樣，都夾在中美兩個大國中間，因此趁著出訪機會，聽聽日本如何應付這樣的局面，他認為可以給臺灣做為reference (參考)。

會後，柯文哲接受隨行媒體聯訪。媒體好奇市府一行人在東亞文化研究所內討論的話題，柯文哲表示，他們也是研究兩岸、研究中國、研究臺灣，學者本來就是對這個主題都會好奇。

有媒體詢問柯文哲，東京大學的教授們對其先前提出的「親美日友中」主張，是否有表達任何看法？柯文哲答道，對方對於「親每日友中」主張的看法是還好；他並進一步解釋，其實學者跟政治人物不太一樣，學者大部分就是針對他們自己學術上有興趣的地方去做研究，這樣而已。

此外，因國內媒體報導，報導中指出高雄市韓國瑜市長允諾將出席6月1號將於總統府前的誓師大會，有媒體詢問柯文哲對於此事看法。柯文哲以自身經驗回答，表示自己上一次參加北市市長選舉，是一直在市府上班，上到法定規定一定要開始請假的日期前一天晚上10點多，簽完最後一份公文才開始請假去競選，自己整個競選只花15天。柯文哲表示，如果是他的話，他會照樣工作、照樣上班。

柯文哲及北市府訪團一行人，也在25日上午結束東京部分的參訪行程，接著啟程前往日本福島縣南相馬市，預計將針對福島核災返還困難區域進行視察。