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為避免人員滯留車站或車廂、產生流浪漢於系統內遊蕩或快遞業者利用捷運運送物資，影響捷運系統使用之公平性及其他旅客乘車動線及安全，因此訂定旅客在付費區內之停留時限等規定。
本公司於各捷運車站自動售票機附近張貼「臺北捷運系統旅客須知」，該須知第13點規定「旅客持用車票，除因可歸責於本公司之事由外，經驗票閘門進入付費區至離開付費區之停留時限規定如下：(一)不同一車站進出，最大時限為2小時；(二)同一車站進出，最大時限為15分鐘；違反前項規定者，除應付之票價外，應於車站詢問處繳交或由驗票閘門自動扣除車站公告之單程票最低票價之金額。」
第14點規定「同站進出者，應支付車站公告最低單程票票價。如屬特殊狀況（民眾借用付費區廁所，或旅客剛進站後立即出站，無搭車事實），可洽站務人員協助處理。」