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臺北捷運的營運時間從早上6點發首班車開始，至晚上12點發末班車結束。
為兼顧旅運需求、噪音問題以及營運安全，每日營運前各路線列車係於清晨5:00左右，即自各機廠(駐車地點)發出，循序將車輛佈妥於各發車點，並於6:00準時自各發車點(含各端點車站)發出首班車，一直營運至深夜24:00自各端點站發出末班車止。另每日捷運末班車收車後，所有車輛皆需回送機廠安排列車清潔及維修保養，如淡水站末班車於24:00發車，抵達象山站約為翌日凌晨1時，後續進行營運列車收回機廠作業，實際上，至收車完成時間，已超過凌晨1:30。此外，各路線於首班車營運前，約於清晨5:00開始至5:30分左右，尚須進行軌道之巡視作業，故本公司須於僅剩之三個半小時內，進行電聯車清潔與保養、軌道設施維護等工作，時間上已無法再壓縮。
考量列車在深夜運行之噪音、振動問題會影響沿線居民之作息，且為維持夜間維修保養之正常作業，以利系統保持最佳狀況，提供給旅客安全、快速、舒適的輸運服務，現階段仍以維持目前之營運時間為宜。