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(一)依大眾捷運法第19條規定，捷運工程穿越私有土地應就取得地上權、或註記土地登記簿等2種方式當中依使用之必要性，及選擇對所有權人、占有人或使用人損害最少之方法辦理並給予相當之補償。
1.如採潛盾鑽掘施工方式者，因無取得地上權之必要，故以註記於土地登記簿方式辦理，其補償係依「大眾捷運系統工程使用土地上空或地下處理及審核辦法」第10、11條規定，計算公式如下：註記補償費=徵收補償地價(元/平方公尺) X 穿越面積 X 土地持分比率 X 穿越地下深度補償率 X 50%(政府未取得地上權)。
2.穿越地下深度補償率如下：
捷運工程構造物之上緣距地表之深度與地上權補償率
0公尺以上－未滿13公尺 50％
13公尺－未滿16公尺 40％
16公尺－未滿20公尺 30％
20公尺－未滿24公尺 20％
24公尺－未滿28公尺 10％
28公尺以上 5％


(二)另依「大眾捷運系統工程使用土地上空或地下處理及審核辦法」第13條規定，其中辦理註記之土地於捷運工程進行穿越時仍存在並定著於土地有牆壁及頂蓋之合法建物或領有建照執照施工中建築物，依下列基準百分之五十計算補償：
1. 穿越地下深度未滿13公尺者，發給建築物造價90%之補償。
2. 穿越地下深度13公尺至未滿24公尺者，發給建築物造價65%之補償。
3. 穿越地下深度達24公尺以上者，發給建築物造價40%之補償。(綜規處)