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適用差異：都市更新主要適用對象為經劃定或變更應實施更新之地區或依所定更新單元劃定基準自行劃定更新單元者；危老重建之適用對象可分為以下4種：

一、經建築主管機關依建築法規、災害防救法規通知限期拆除、逕予強制拆除，或評估有危險之虞應限期補強或拆除者。

二、結構安全性能評估結果未達最低等級。

三、屋齡三十年以上，經結構安全性能評估結果之建築物耐震能力未達一定標準，且改善不具效益或未設置昇降設備者。

四、得合併鄰接之建築物基地或土地辦理。但鄰接之建築物基地或土地之面積，不得超過該建築物基地面積。程序差異：都市更新須經事業計畫、權利變換計畫之申請、審議，其中還包括要舉辦公聽會、聽證會，程序較為冗長；而危老重建係規定擬具重建計畫，經全體同意後，向直轄市、縣（市）主管機關申請核准後，即依建築法令規定申請建築執照。因此，都市更新程序繁雜、危老重建程序相對簡易。

(一) 迅行劃定：人及面積皆＞1/2

(二) 一般及優先劃定：人及面積皆＞3/4

(三) 自行劃定更新單元：人及面積皆＞4/5

(四) 如面積＞9/10、人X
容積獎勵上限差異：都市更新之容積獎勵上限為1.5倍法定容積，若為實施容積管制前已興建完成之合法建築物，且原建築容積高於基準容積，其上限為0.3倍法定容積+原建築容積或1.2倍原建築容積，若前開合法建築物亦為海砂屋，則放寬上限至1.3倍原建築容積；危老重建則為1.3倍基準容積或1.15倍原建築容積。
稅負減免差異：危老重建無土地增值稅及契稅相關之減免，都市更新有不同情形之減免方式，另都市更新之地價稅、房屋稅減免為都更後減半徵收2年，以及土地增值稅與契稅之減免；危老重建之地價稅與房屋稅則為重建後減半徵收2年，如重建前合法建築物所有權人為自然人者，且持有重建後建築物，於前款房屋稅減半徵收二年期間內未移轉者，得延長其房屋稅減半徵收期間至喪失所有權止，但以十年為限。此外，並無土地增值稅與契稅之減免規定。