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孕婦感染德國麻疹，該病毒可以透過胎盤垂直傳染給胎兒，可能會造成死產、自然流產或胎兒主要器官受損，如先天性耳聾、青光眼、白內障、小腦症、智能不足及先天性心臟病等缺陷，統稱為先天性德國麻疹症候群（congenital rubella syndrome, CRS），在妊娠首3個月感染德國麻疹，其胎兒有高達90％的機率受到感染，25％以上的機率產出CRS嬰兒；孕婦於懷孕10週內感染德國麻疹，更有高達90％機率產出CRS嬰兒，感染若在懷孕第16週以前，胎兒則有10～20％的機率產生單一先天性缺陷；懷孕第20週以後才得到感染，則生下畸形兒機率很小。CRS可能導致一種或多種缺陷，包括心臟、視力、聽力、智力障礙、骨骼、肝臟、脾臟等長期損害或發展問題，嚴重者會造成死亡。中度或重度的先天性德國麻疹症候群在出生時可以被診斷出來，但輕微的往往於出生數月或甚至數年後才能發現，甚至無法辨認其與德國麻疹之關聯性。