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1.北投廠有二套廢水處理場，其中焚化廢水處理場係將廠區各排放洩水之無機廢水，泵送至廢水處理場，經化學混凝、沈澱、過濾、及中和處理等程序，再併入有機廢水處理程序混合處理。一般生活廢水等有機廢水，泵送至廢水處理場，經調勻、曝氣、活性污泥生物處理、二次混凝程序及過濾殺菌程序後，成為處理後之再利用水。焚化廢水場處理後之再利用水無對外排放，本廠檢驗室亦定期檢測水質以確保廢水處理之成效符合標準。

2.另一套廢水處理場為飛灰水洗專用廢水處理場，飛灰水洗後所產生廢水，經化學混凝沉澱處理後，納入本市下水道系統一併處理，其沉澱所產生之污泥則委託甲級處理場處理。