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近年來翡翠水庫的水質皆屬於貧養級之優良水質。

水庫水質的好壞，通常是指水質的優養化程度，一般常用國際通用的卡爾森優養指數(CTSI)法來評定，當卡爾森優養指數(CTSI)在40以下者為貧養，表示水質優良，在40-50之間為普養，表示水質尚屬良好，在50以上者便為優養，表示水質較差(藻類大量孳生，容易有異味，甚至產生藻毒)。

歷年來，本局除積極協調推動集水區相關保育工作，聯合相關權管機關推動相關防污減污及進行污染源稽查取締與管理外，並實施「蓄清排濁」策略操作，以降低淤積量與營養鹽，使得歷年來水庫年平均卡爾森優養指數(CTSI)都歸屬於普養級以上的良好水質，近年來翡翠水庫的水質皆屬於貧養級之優良水質，故翡翠水庫目前水質優良且安全無虞。